Naruto - Konoha syntyperäinen kylä on taas vaarassa, ja tällä kertaa tuhoutuu Sound Clone ja Sand Ninja. Sankarin on taisteltava yksin, hänen ystävänsä taistelevat muiden rintamien kanssa. Apuasi riippuu nyt Naruton voitosta Leaf Villagen taistelussa. Käytä luonteen kaikkia taitoja: taistelulajien ja chakrojen hallintaa. Taikaenergia - Chakra voi auttaa erityisen vaikeissa tilanteissa, kun vastustajien määrä tulee kriittiseksi. Taistelu ei ole vain ihmisten kanssa, mutta jättiläisillä käärmeillä ne ovat hyvin vaarallisia, niitä on vaikea tappaa. Kerää pudotetut trofeet - tämä täydentää chakran tasoa ja lisää uusia kykyjä.