Eräänä aamuna Metropolisin kaupungin asukkaat näkivät kuinka monta avaruusalusta laskeutui taivaasta, josta tulivat uudet tulijat. He välittömästi avasivat siviilejä ja alkoivat metsästää heitä. Torjuva sankari, joka on aina puolustanut kaupunkia, on jälleen taisteltava. Olemme pelissä Superman: Teema on Aliens auttaa Supermania puolustamaan kaupunkiaan ja tuhoamaan vastustajiaan. Sankarimme täytyy ohjata tutka, joka kertoo hänelle, missä ulkomaalaiset sotilaat ovat. Tämän jälkeen sinun tulee hyökätä vihollisen kimppuun. Voit tappaa heidät lyönteillä tai käyttää sankarin super kykyjä.