Lääketieteelliset yritykset ovat pitkään alkaneet kokeilla ihmisen DNA: ta. Darwin's Legacy -pelissä löydät itsesi tulevaisuudessa, kun kokeilut alkoivat kantaa hedelmää ja hyvin surullista. Gurney Montecristo on tarinan päähenkilö. Hän työskentelee yhdessä suuryrityksistä, joka liittyy myös geneettisiin kokeisiin. Yhdessä hänen kanssaan yrität pysäyttää hirvittävän X-viruksen leviämisen, joka johtui tutkijoiden ihottumatoimista. On tarpeen tunkeutua sektoriin 38 kapselin löytämiseksi ja tuhoamiseksi viruksen kanssa. Vaakalaudalla on ihmiskunnan selviytyminen.