Ben 10: lle ei ole outoa, että saapuu uusi joukko ulkomaalaisia, jotka haluavat panettaa maalaisia. Mutta tällä kertaa Ben 10 Omnitrix Shadowissa asiat muuttuivat paljon vakavammaksi. Muukalaisia u200bu200bjohti mustassa panssarissa oleva ritari. Hän aloitti energiavirran Beniin, tartuttaen kaverin tummalla energialla. Sitten tunkeilijat lähtivät nopeasti. Sankariin on asettunut tumma virus, joka ajan myötä muuttuu hänestä pahaksi hirviöksi, kuten kaikki omnitrixissa olevat. Tilanteen korjaamiseksi ja viruksesta pääsemiseksi on löydettävä kolme roistoa ja tuhottava ne. Auta hahmoa tulemaan uudelleen itseksi ja estä muutos.