Nuori kaveri Tom työskentelee rautateillä korjaajana. Choo Choo Connect -pelissäsi tänään oleva sankarisi on vierailtava monissa paikoissa, joissa rikkoutuneet junat ovat rikki. Niiden avulla hän voi muuttaa varaosia vanhoista laitteista. Työssä hänelle annetaan kartta, josta eriväriset junat ovat näkyvissä. Sinun on reititettävä kahden värillisen samanlaisen junan välillä erityistä yhdysjohtoa käyttämällä. Muista, että näillä viivoilla on tietyt värit ja niiden ei tarvitse olla ristissä toistensa kanssa.