Pieni hauska olento nimeltä Jojo asuu metsän syvyydessä. Eräänä päivänä sankarimme kuuli, että syrjäisissä paikoissa illalla ilmestyy kultakolikoita. Hahmosi päätti mennä noihin paikkoihin ja kerätä ne kaikki. Sinä pelissä Jojo Run autat häntä tässä. Hahmosi kulkee polkua kaikilla jalkoillaan. Matkan varrella hän törmää maaperän epäonnistumisiin, ansoihin ja erilaisiin olentoihin, jotka pystyvät tappamaan hänet. Kun lähestyt kaikkia näitä vaaroja, sinun täytyy saada sankari hyppäämään ja lentämään sen läpi kaiken ilman läpi. Matkalla sinun on kerättävä kaikki nämä kolikot.