Rohkea ninja-sankarimme pelissä Ninja vs EVILCORP taistelee parhaan kykynsä mukaan kaikissa pahan ilmenemismuodoissa virtuaalimaailmassa. Hän sai äskettäin tietoa lähestyvästä maailmanlaajuisesta julmuudesta. Suunnitelmia kehittää Evil Corporation, jonka toimisto sijaitsee kaupungin keskustassa. Tämä on korkea lasi- ja betonirakennus, joka on varustettu moderneilla turvajärjestelmillä. Sankari aikoo tunkeutua sinne ja rypistää tietoja suunnitelmista tietokoneelta. Jos ne tulevat tunnetuksi, on mahdollisuus estää pahan suunnitelman toteuttaminen. Auta sankaria, hänen täytyy käydä läpi kymmeniä kerroksia, ja jokaisessa tavoitteessa on toimisto, jossa on tietokone. Muutama ensimmäinen kerros on riittävän helppo kulkea, mutta edelleen turvallisuutta vahvistetaan. Ensin ilmestyvät automaattikamerat ja sitten vartijat itse. Ninja ei saa olla taskulampun tai valonheittimen alla, muuten hänet huomataan ja pyydetään kiinni.