Uudessa Ninja Warrior Germany Kids: Ninja Run -pelissä siirryt ninjatemppeliin, jossa koulutetaan joukkoa teini-ikäisiä. Hahmosi on läpäistävä tentti tänään tietyn ajan kuluttua. Autat häntä tässä. Sankarisi täytyy käydä läpi tietty este. Näytölläsi edessäsi on raita, jonka alussa hahmosi seisoo. Signaalilla sankarisi juoksee eteenpäin vähitellen nopeutta kohti. Matkalla kohtaavat erilaiset esteet ja rakenteet. Kun hallitset taitavasti sankariasi, sinun täytyy juosta joidenkin ympärillä ja kiivetä toisten päälle vähentämättä nopeutta. Joskus tiellä törmäät erilaisiin esineisiin. Sinun on kerättävä ne kaikki nopeasti. Jokainen noutamasi tuote tuo sinulle tietyn määrän pisteitä.