Kaukaisessa hämmästyttävässä maailmassa olennot, kuten Pokemon, elävät. Ne on jaettu ryhmiin, jotka palvovat luonnonhenkiä. Kerran tulen ja veden henkien palvojat tekivät rituaalin ja kutsuivat nämä jumalalliset olennot tähän maailmaan. Mutta he osoittautuivat erittäin pahoiksi henkeiksi ja pääsivät hallitsematta. Nyt koko planeetta on kaaoksessa ja luonnonkatastrofeja tapahtuu jatkuvasti. Sinun on Pokemon Emerald Version -pelissä taisteltava heitä vastaan. Näytölläsi edessäsi on tietty alue, jolla hahmosi sijaitsevat. He hyökkäävät esimerkiksi tulen henkeä vastaan. Ohjaat heidän toimintansa erillisen ohjauspaneelin avulla. Sen avulla pakotat Pokémonisi soveltamaan erilaisia taikuuksia, joilla ne vahingoittavat vastustajaansa.