Useimmissa nykyisissä peleissä ninja esiintyy edessämme rohkeana epäitsekkäänä sankarina ja taistelijana. Hän taistelee rohkeasti niiden kanssa, jotka ovat siirtyneet pimeälle puolelle tai todellisten hirviöiden ja hirviöiden kanssa, pilkkovat taitavasti hedelmiä ja vihanneksia terävällä miekalla ja heittää osuvasti shuriken-terästähdet. Run Ninja -pelissä tapaat aivan toisen hahmon. Oikeastaan näet vain hänen selkänsä ja kimaltelevat korot. Ninja ei halua hallita taistelutaitoa, hän on ylittänyt voimansa ja päätti paeta luostarista. No, tämä on hänen valintansa, ja sinun täytyy vain auttaa häntä voittamaan vaikea polku, joka on täynnä esteitä samoissa kaivoissa ja piikkejä sisältäviä ansoja Run Ninjassa.