Tähän asti Mario joutui käsittelemään vain ikuisen vihollisensa Bowserin pahoja sieniä, etanoita ja muita kätyreitä. Mutta nämä ovat vain kukkia verrattuna siihen, mitä häntä odottaa Super Mario Commanderissa. Salakavala hyökkäys avaruudesta tehtiin odottamatta Mario -maailmaa vastaan. Kauheat ja julmat olennot, hampaisiin asti aseistetut, tekivät tuhoa kerran rauhanomaisessa valtakunnassa. Marion on otettava vakava ase ja näytettävä supersankari. Ja jotta hän voi menestyä, auta putkimiestä uutta roolia itselleen. On välttämätöntä poistaa avaruuspiraatit ja tuoda maailma takaisin maan päälle Super Mario Commanderissa.