Barbie, Rene ja Teresa ovat valmistuneet Academysta, joka kouluttaa korkeasti päteviä vakoojia. He työskentelevät tällä hetkellä salaisessa vakoiluorganisaatiossa, joka suorittaa salaisia tehtäviä ympäri maailmaa. Pelissä Barbie Spy Squad Academy autat tyttöjä suorittamaan erilaisia tehtäviä. Valitse esiintyjä ja lähetä ensin moottoripyörällä kaupunkiradalla lentävien robottien näyttöjen läpi keräämään kiteitä. Seuraavaksi sinun täytyy tunkeutua salaiseen esineeseen ja varastaa sininen kristalli, kulkea ansojen läpi ja välttää kohtaamisia robottien kanssa. Lopuksi, sinun on autettava vakooja tasoittamaan polku, joka johtaa hänet tavoitteeseen. Voit tehdä tämän kiertämällä nappuloita ja yhdistämällä ne yhtenäiseksi kokonaisuudeksi Barbie Spy Squad Academyssa.