Pienen japanilaisen kylän asukkaita sortaa jatkuvasti paikallinen aristokraatti. Japanin halki matkustava samurai päätti auttaa heitä. Tätä varten hänen on tunkeuduttava aristokraatin omaisuuteen ja tuhottava se. Sinä pelissä Mini Samurai Kurofune autat samuraita tässä seikkailussa. Sankarisi on päästävä kiinteistöön, jota ninja-palkkasoturit vartioivat. He hyökkäävät hahmosi kimppuun. Hallitset sankarin toimia taistelevat heitä vastaan. Näppärästi miekkaa käyttäessäsi ja käsistä käteen -taistelutekniikoita käyttämällä joudut tuhoamaan kaikki vastustajasi. Tästä Mini Samurai Kurofune -pelissä sinulle annetaan pisteitä. Kerää vihollisen kuoleman jälkeen pokaaleja, jotka putoavat hänestä.