Joustava putkimiehemme nimeltä Mario on kuljetettu portaalin kautta salaperäiselle Yoshi's Islandin saarelle. Nyt sankarimme täytyy löytää tiensä kotiin. Mario näkyy edessäsi näytöllä, joka sinun johdollasi etenee paikan läpi. Matkan varrella hän kerää kultakolikoita ja muita esineitä hajallaan. Matkalla häntä odottavat epäonnistumiset maassa, esteet ja muut vaarat. Jotkut niistä sankarisi pystyy ohittamaan, muiden vaarojen kautta hän voi yksinkertaisesti hypätä yli. Jokaisen tason lopussa Yoshi's Islandilla sinua odottaa portaali, joka johtaa seuraavalle tasolle.