Ninja on monien pelien sankari, ja Carrot Ninjassa hän näyttää paljon tavalliselta porkkanalta. Niin se on - tämä on porkkananinja ja hän aikoo päästä seuraavalle pagodalle jokaisella tasolla. Tämä on sankarin tarkoitus. Auta häntä näppärästi hyppäämään alustoilla, kerää kolikoita, jos mahdollista. Edelleen tasoilla on lisäesteitä, kuten robottisiilit ja muut ongelmat, jotka täytyy hypätä yli. Oikeasta yläkulmasta löydät porkkanan elävien lukumäärän vihreiden lehtien muodossa. Heti kun käytät ne loppuun, taso on käynnistettävä uudelleen Carrot Ninjassa.