Pelin kolmannessa osassa Bubble Shooter Candy 3 taistelet jälleen erivärisiä karkkikuplia vastaan. Ne näkyvät pelikentän yläosassa ja liikkuvat alas tietyllä nopeudella. Pelikentän alaosassa keskellä on tykki, joka ampuu yksittäisiä erivärisiä kuplia. Sinun on löydettävä joukko esineitä, jotka ovat täsmälleen samat kuin panoksesi, ja ammuttava niihin tähtäämällä. Kun pääset näihin kupliin, tuhoat ne ja saat tästä pisteitä pelissä Bubble Shooter Candy 3. Suorittamalla nämä toimet tyhjennät vähitellen koko kentän kuplista.