Muinaisina aikoina ihmisillä ei ollut yhtä jumalaa, he uskoivat eri jumaliin, joista jokainen oli vastuussa omasta suunnastaan. Pyramid Puzzle -pelin tapahtumat sijoittuvat muinaiseen Egyptiin legendaarisen kuningatar Kleopatran aikaan. Hän haluaa selvittää, kuinka äskettäin kuolleella faaraolla oli erityisiä kykyjä ja oliko suuri jumala Ra mukana tässä. Kuningatar lähettää uskollisen piikansa Hannan selvittämään faaraon salaisuuksia, mutta tehdäkseen tämän hänen täytyy tunkeutua pyramidin sisään ja jopa käydä salaisissa huoneissa, joiden sisäänkäynti on suljettu ulkopuolisilta. Auta tyttöä suorittamaan tehtävä. Kuningatar odottaa tuloksia ja on tyytymätön, jos he eivät ole Pyramid Puzzlessa.