Ninjan on harjoitettava säännöllisesti pysyäkseen kunnossa. Pelissä Math Quest löydät sankarin bambualustoilla. Hän seisoo paikallaan eikä liiku. Kunnes ratkaiset matematiikan esimerkin. Itse asiassa se on jo ratkaistu, mutta sinun on tarkistettava se ja napsautettava asianmukaista painiketta: punainen - väärä vastaus, vihreä - oikein. Sinun ei tarvitse miettiä pitkään; alla on aika-asteikko. Jos sinulla ei ole aikaa vastata, peli päättyy. Math Questilla on kolme vaikeustilaa. Helpoimmalla käydään läpi kymmenen tasoa, keskimäärin yksi viisitoista ja kovalla kolmekymmentä tasoa.