Pelissä Bacteria Fighters, sinä ja minä upotetaan bakteerien maailmaan. Nämä ovat pienimmät mikro-organismit, jotka elävät vain planeetallamme. Mutta heidän maailmassaan on taistelu selviytyäkseen. Tänään osallistut siihen jonkin bakteerin puolella. Pelin alussa näet hahmosi ja vastustajasi. Sitten he kiirehtivät tavata toisiaan ja alkaa metsästää toisiaan. Sinun on hallittava tarkasti hahmo jatkaa vastustajasi. Kun se pienenee muutaman sekunnin kooltaan, sinun on tuhottava se. Näistä toimista saat pisteitä.
