Pelissä Last Ninja tapamme ninja-soturi, joka oli ainoa Valon järjestyksen jälkeenjäänyt. Toisen tilauksen edustajat hyökkäsivät temppeliinsä ja tuhosivat kaikki. Nyt sankarimme täytyy kostaa vihollisiaan. Hän menee viidakkoon ja tulee vihollisen temppeliin. Tavallaan viholliset tarttuvat siihen. Hänen tehtävänsä on tuhota ne kaikki. Tätä varten hän käyttää heitto-tähtiä. Meidän on laskettava heittopaikka ja heittää heidät kohteeseen. Joten tapamme vihollisemme. Muista, että sinun on tehtävä tämä nopeasti, jotta vihollinen ei voi tappaa sinua jo.
