Ulkopuoliset eläimet jälleen tulivat planeettamme. Kun olet jo tavannut kutsumattomia vieraita, he onnistuivat pilata suurta tappioita. Nyt muut ovat saapuneet, no, he pitävät siitä, joten maa piti sitä, että he ovat valmiita mihinkään uhraukseen vain voittaakseen sen. Alien Attack 2 -pelissä kohtaat haureat olennot, he eivät ole kuin aikaisemmat, mutta et käytä, ota vain aseita ja tuhoa hirviöitä, eikä anna heille mahdollisuutta voittaa. Jotta heitä ei voi torjua, on tärkeää päästä pääsihteeriin ja käsitellä häntä. Ilman keskitettyä valvontaa ulkomaalainen armeija hajoaa ja kiirehtii kotiinsa.
