Muinaisessa Japanissa oli Ninja Warriorsin järjestys, joka taisteli valtion ja hirviöiden eri vihollisia vastaan. Tänään olemme Ninja Defender -pelissä auttamassa yhtä sotaa menemään temppeliin ja täyttämään hänen järjestyksensä päämiehen tehtävä. Sankari, joka kulkee temppelin läpi, tunkeutuu hänen saliinsa. Hänet hyökkäävät eri hirviöitä vastaan. Hahmomme käyttää aseita aivan kuten boomerangia. Pistäkää se viholliselle, lyömme hänet ja sitten esine lentää takaisin. Meidän on siirrettävä hahmo niin, että hän torjui sen ja heittäytyi taas. Jos meillä ei ole aikaa tehdä niin, menetämme aseen ja menetämme kierroksen.
