Kaukana trooppisella saarella, joka on kadonnut valtamerellä, elää pienten apinoiden heimo. Olet pelissä Super Monkey Run auttaa yhtä apinoista tutustumaan osaan saarta, jossa hänen heimonsa jäsenet eivät koskaan vaeltaneet. Voit hallita hänen toimiaan ohjauspainikkeiden avulla. Apinakun täytyy juosta paljon, hyppää, kiivetä korkeita kiviseinämiä ja jopa taistella erilaisten luonnonvaraisten eläinten kanssa, jotka elävät viidakossa.
