Pelissä Flappy Run Online pääset maailmaan, jossa elävät olennot voivat liikkua ilmassa. Nykyään tällaisten olentojen yritys päätti mennä matkalle ja tutustua maansa syrjäisiin kulmiin. Jotta ne pysyisivät ilmassa, sinun on napsautettava hiirellä ruutua. Matkalla heidän liikkumisestaan tulee koloja ja muita esteitä. Sinun täytyy tehdä kaikki merkit, jotta vältät törmäykset heidän kanssaan. Jos sama tapahtuu, menetät ja aloitat pelin kulun uudelleen.
