Pikselimaailmassa alkoi maailman loppu. Ei ole tiedossa, mistä elävien kuolleiden laumat tulivat, jotka nyt hyökkäävät pieniä kaupunkeja ja tappavat ihmisiä ja muuttavat niitä samankaltaisiksi. Mutta maailmassa oli rohkeita ihmisiä, jotka ottivat aseita puolustamaan siirtokuntiaan. Pelissä Pixel Shot on yksi niistä. Hahmosi täytyy ajaa kaupungin kaduilla ja löytää kaikki zombit. Hänen voimakkaiden aseidensa avulla hän ampui heidät tuhoamaan kaikki hirviöt. Matkalla hänen on kerättävä erilaisia kohteita, jotka auttavat häntä taistelemaan eläviä kuolleita vastaan.