Uudessa Ninja vs Ninja -pelissä siirryt maailmaan, jossa asuu laatikon ihmisiä. Kahden ninja-järjestyksen välillä on sota, ja liittyt yhteen heistä. Hahmosi on punaisen laatikon mies. Hän on huoneessa, jossa vastustaja on sininen. Niiden välissä on erilaisia u200bu200besteitä ja ansoja. Sinun on ohjattava hahmosi läpi kaikki nämä vaarat ja hyökätä vastustajaasi. Erilaisten heittoaseiden avulla tuhoat vihollisen ja saat siitä pisteitä.
