Kaukaisessa galaksissa sota puhkesi kahden ulkomaalaisen rodun välillä. Olet pelissä Clash Of Aliens liittymässä johonkin heistä ja komentaa armeijaa. Laivasi täytyy liittyä taisteluun vihollisalusten laivueta vastaan. Näet päälaivasi edessäsi ruudulla. Sen alla on ohjauspaneeli. Sen avulla lähetät lentäjät taisteluun heidän aluksillaan. He hyökkäävät vihollisiin tuhoavat heidät ja tästä he antavat sinulle pisteitä.
