Yhdellä Tyynen valtameren saaresta sijaitsi salainen valtion tukikohta, jossa tutkijat tekivät kokeita ihmisillä. Mutta ongelmana on, että koehenkilöt irtoivat ja tuhosivat suurimman osan tukihenkilöstöstä. Jotkut tutkijoista onnistuivat pakenemaan ja lukitsivat itsensä tukikohdan ruokalaan. Cry Islands -pelissä sinun on päästävä saarelle ja tuhottava kaikki mutantit. Sankarisi pudotetaan helikopterilla tietyssä saaren osassa. Kun aseet ovat valmiina, sinun on siirryttävä eteenpäin ja katsottava huolellisesti ympärillesi. Heti kun huomaat vihollisen, sinun on kohdistettava aseesi vihollista kohtaan ja avattava tuli tappamaan. Ampumalla tarkasti vihollista kohti, tuhoat hänet. Jokaisesta tappamisesta saat tietyn määrän pisteitä.
