Pieni ryhmä epäoikeudenmukaisesti tuomittuja vankeja päätti järjestää vankilan. Prison Break 3D -pelissä autat heitä pääsemään ilmaiseksi. Ruudulla edessäsi näet ryhmän seisovan vankilan käytävällä. He pystyivät avaamaan lukon ja poistumaan solusta. Nyt sinun on opastettava heitä tietyllä reitillä. Voit hallita heidän toimintojaan ohjauspainikkeilla tai hiirellä. Solut on asennettu vankilan tiloihin sekä vartijat. Sinun on otettava tämä huomioon. Reitin on oltava kameroiden valvonta-alueen ulkopuolella. Sinun ei myöskään pidä joutua vartijoiden kiinni. Jos näin tapahtuu, vankilassa annetaan hälytys ja vangit pidätetään.
