Kaikki pelimaailmassa on käännetty ylösalaisin. Aiemmin rauhallisessa Mushroom Kingdomissa, jossa oli aina rauhallista ja vain sienet tai kilpikonnat saattoivat hieman tuhmautua, alkoi ilmaantua todella vaarallisia vihollisia - zombeja. Ei ensimmäinen kerta, kun Mario joutui tarttumaan tehokkaaseen aseen vastustaakseen hyökkäystä, muuten maailmanloppu tulisi. Super Mario Shooting Zombie -pelissä voit auttaa sankaria karkottamaan epäkuolleet paikoista, joihin he toivoivat piiloutuvansa ja piiloutuvansa parempiin aikoihin asti. Sinun on hankittava epäkuolleita kaikkialta käyttämällä kaikkia saatavilla olevia esineitä sekä kimmoitava Super Mario Shooting Zombiessa.