Sienivaltakunnassa taas ongelmia, tuntemattomat olennot naamioissa ja kylpytakit hyökkäsivät maahan, eivätkä nämä ole ihmisiä, vaan ilmeisesti robotteja, jotka vastustavat kaikkea elävää. He ovat hyvin aseistettuja eivätkä aseet ole maanpäällisiä. Mutta sankarimme Mario ei myöskään ole missi Super Mario Mission Impossible -pelissä. Hän käyttää voimakasta räjäytintä, joka ampuu tappavan lasersäteen ja tuhoaa varmasti epätavalliset viholliset. Mutta on vain yksi putkimies ja monia robotteja, joten kiirehdi hänen avukseen ja tuhoa kaikki, jotka kohtaavat hänet matkalla. Sankari liikkuu jatkuvasti, ja on tärkeää, ettei vihollinen pääse liian lähelle Super Mario Mission Impossible -pelissä.
