Iloinen putkimies Mario löysi itsensä jälleen rinnakkaismaailmasta. Sankarimme täytyy löytää portaalikoti, ja sinä autat häntä tässä pelissä Super Chafa Mario Runissa. Sankarisi täytyy juosta monien paikkojen läpi ja tutkia niitä. Matkalla tulee olemaan reikiä maahan ja erilaisia esteitä. Kun hahmosi on tietyllä etäisyydellä vaarallisesta paikasta, sinun on saatava hänet hyppäämään ja lentää vaaran yli ilmassa. Tässä maailmassa on aggressiivisia olentoja. Sinun on vältettävä tapaamista niihin. Jos sankarisi koskettaa ainakin yhtä heistä, hän kuolee. Matkalla auta Marioa keräämään kultakolikoita ja muita hyödyllisiä esineitä, jotka ovat hajallaan kaikkialla.