Muinainen demoni purkautui vankeudesta ja yhdessä kätyriensä armeijan kanssa tuhosi ihmisasutuksen Japanissa. Rohkea ninjasoturi Kioto päätti kostaa sukulaisilleen ja tuhota pimeyden armeijan ja sitä johtavan demonin. Sinä pelissä Shadow Ninja Revenge autat häntä tässä seikkailussa. Ennen kuin olet näytöllä, näet tietyn alueen, jolla hahmosi sijaitsee. Ohjausnäppäinten avulla ohjaat sen toimintaa. Ninjasi juoksee eteenpäin ja kerää erilaisia hyödyllisiä esineitä hajallaan kaikkialle matkan varrella. Hänen matkallaan tulee olemaan erilaisia esteitä ja ansoja, joiden yli hänen on hypättävä juokseessaan. Kun sankarisi on tavannut yhden vastustajista, se ryntää rohkeasti taisteluun. Hänen on tuhottava vihollinen käyttämällä miekkaa ja erilaisia heittoaseita.
