Rohkea samurai nimeltä Jack kuuluu salaiseen järjestykseen, joka suojelee maailmamme rauhaa erilaisilta rinnakkaisten universumien hirviöiltä. Eräänä päivänä useat hirviöt onnistuivat murtautumaan aikaportaalien läpi maailmaamme. Nyt sankarimme joutuu matkustamaan erityisen amuletin avulla näiden aikojen mukaan. Siellä hänen on löydettävä hirviöt ja tuhottava ne. Sinä pelissä Samurai Jack: The Amulet Of Time autat samuraita näissä taisteluissa. Edessäsi hahmosi näkyy näytöllä, joka sijaitsee tietyllä alueella. Hänen edessään näet hirviön. Ohjausnäppäimillä sinun on pakotettava sankarisi hyökkäämään vihollista vastaan. Iskemällä miekalla tuhoat vihollisen ja saat siitä pisteitä.