Pelissä Atom War menet maailmaan, jossa elävät pienimmät hiukkaset, joita kutsumme atomeiksi. Sota on alkanut tässä maailmassa ja sinä osallistut siihen. Näet punaisen atomisi näytöllä edessäsi. Sillä on tietty koko ja pieni voimakenttä näkyy sen ympärillä. Atomisi ympärillä muut hiukkaset alkavat näkyä sinisenä. Sinun on tutkittava ne huolellisesti ja löydettävä ne, jotka ovat kooltaan pienempiä kuin hahmosi. Tämä tarkoittaa, että nämä hiukkaset ovat heikompia kuin atomisi. Sinun täytyy jahdata heitä ja sitten hyökätä. Tuhoamalla sinisen atomin saat pisteitä ja hahmostasi tulee suurempi ja vahvempi.
