Syvällä viidakossa asuu gorilla nimeltä Donkey, joka auttaa aina ystäviään. Kerran hahmomme päätti mennä tapaamaan kaukaisia sukulaisiaan, jotka asuvat viidakon toisella puolella. Sinun on Super Donkey Kong 99 -pelissä autettava sankaria tässä seikkailussa. Hahmosi näkyy edessäsi olevalla näytöllä, joka sinun ohjauksessasi etenee polkua pitkin asteittain nopeutuen. Matkalla hahmosi joutuu keräämään banaaneja ja kultakolikoita hajallaan kaikkialta. Hänen on myös voitettava erilaisia ansoja ja esteitä, jotka kohtaavat hänen matkallaan.
