Siniset pallot alkavat liikkua Blue Spheres -pelissä ja sinun tehtäväsi on toimittaa ne kunkin tason määrättyihin paikkoihin. Ainoa ongelma on, että pallot voivat liikkua vain synkronisesti, ja eteenpäin jokaisella tasolla tulee labyrinttejä, yhä vaikeampia. Ympyrän sisällä oleva valkoinen painike toimii ohjauspaneelina. Siirtämällä sitä ympyrässä näet kuinka pallot alkavat liikkua. Labyrintin läpi kulkemisen jälkeen sinun on asetettava pallot neliöille ja niin, että jokainen sijoittuu omillaan. Käytä seiniä ja muita esteitä pysäyttääksesi yksi pallo, kun toinen siirtyy sinisiin palloihin.