Jos sinulla on mahdollisuus matkustaa lentäen. Tämä ei tarkoita, että voit lentää minne tahansa. Taivaalla on myös omat reitit ja voit helposti törmätä toiseen lentävään esineeseen, jos et lennä omassa lentokäytävässäsi. Pelissä Fly Witch tapaat nuoren noidan, joka täytti äskettäin sata vuotta ja noitien mittapuun mukaan hän on juuri tullut täysi-ikäiseksi. Noita on jo useiden kuukausien ajan lentänyt säännöllisesti erityisille noitakursseille, ja tänään hänen on läpäistävä testit ja läpäistävä koe täysivaltaisesta noidista. Sankaritar istui luudanvarrelle ja ryntäsi pois tavalliseen tapaan, mutta yhtäkkiä hänen eteensä nousi esteitä puulaatikoista. On todennäköistä, että testit ovat jo alkaneet ja noidan on osoitettava kykynsä hallita luuta lentäen laatikoiden välissä Fly Witchissä.
