Matkustaa galaksin halki tutkija nimeltä Tom kohtaa jatkuvasti erilaisia muinaisia esineitä. Jotta sankarisi pääsee heidän luokseen, hänen on ratkaistava erilaisia pulmia. Sinä Puzzle Galaxies -pelissä autat häntä tässä. Edessäsi näytöllä näet kuvion, joka koostuu kuutioista. Jokainen niistä jaetaan sisällä yhtä suureen määrään neliöalueita. Jokaisella vyöhykkeellä näet tietyn värisen pallon. Ohjausnäppäimillä pyörität kuutioita akselinsa ympäri avaruudessa. Sinun tehtäväsi on asettaa nämä kohteet niin, että kaikki pallot on järjestetty tiettyyn järjestykseen. Heti kun teet tämän, sinulle annetaan tietty määrä pisteitä Puzzle Galaxies -pelissä ja siirryt pelin seuraavalle tasolle.
