Jokainen merellä käynyt on luultavasti nähnyt meduusoja. Nämä ovat hyytelömäisiä olentoja, jotka uivat vesipatsassa, monet heistä pistävät tuskallisesti, joten lomailijat eivät pidä meduusoista liikaa. Mutta pelissä Flappy Jelly autat yhtä heistä, ja tämä on täysin vaaraton meduusa, joten hänen täytyy piiloutua lukuisilta vihollisilta, joita jokaisella on vedenalaisessa maailmassa. Sillä välin meduusan on piilouduttava aluetta lähestyvältä myrskyltä. Hän ei halua hengailla aalloissa ollenkaan, joten hän päätti uida syvemmälle, mutta päätyi jonkin muinaisen temppelin raunioiden väliin. Auta meduusoja pääsemään marmoripilareiden ohi, jotka työntyvät ulos Flappy Jellyn ylä- ja alaosasta.
