MineClicker 2:n toisessa osassa autat hahmoasi tutkimaan syrjäistä aluetta. Edessäsi hahmosi näkyy näytöllä, joka sijaitsee tietyssä paikassa. Sinun on ensin perustettava leiri. Tätä varten hahmo tarvitsee resursseja. Sinun on löydettävä ne ja alettava napsauttaa niitä hiirellä. Siten purat nämä resurssit. Kun tietty määrä niitä kerääntyy, hahmo rakentaa leirin. Sitten hän alkaa tutkia aluetta. Matkoillaan hänen on taisteltava erilaisia hirviöitä vastaan. Niiden tappaminen antaa sinulle pisteitä MineClicker 2:ssa.