Matrixissa luotiin useita prototyyppejä, ja yksi niistä, numero 09435, osoittautui menestyneimmäksi. Tämä on digitaalinen poika, joka alkoi kehittyä hämmästyttävällä tavalla nopeasti ja pian hän halusi tutustua ulkomaailmaan. Hän löysi tavan poistua matriisista ja lähti matkalle Prototype Guyn luo. Tekijät päättivät olla häiritsemättä kaveria, he pyytävät sinua auttamaan häntä sopeutumaan ja voittamaan esteet. On tarpeen hypätä terävien piikkien ja neliömäisten robottien yli. Muuten, robotit voidaan tuhota hyppäämällä suoraan niiden päälle. Jos estettä ei ylitetä, sankari aloittaa alusta Prototype Guyssa.
