Animatroniikkatuotantotehdas on ollut pitkään suljettuna, mutta sinne on jo kadonnut kymmenkunta vartijaa ja asialle on tehtävä jotain. Tehdas päätettiin sulkea tiiviisti. Mutta ensin sinun on suoritettava puhdistus ja tuhottava animatroniikan jäännökset, jos sellaisia on. FNAF Shooter -pelissä aseistaudut kahdella pistoolilla samanaikaisesti ja menet tutustumaan työpajoihin. Sinua odottaa yllätys: osoittautuu, että pahoja leluja on vielä enemmän kuin ennen tehtaan sulkemista. Koko tämän ajan he ovat salaa luoneet itsensä lisääntymisen ja jokaisella tasolla animatroniikka hyppää edessäsi yksi kerrallaan. On vain aikaa ampua ne FNAF Shooterissa.
