Pelin Murder Case Clue 3D sankari on poika nimeltä Tom, joka rakastaa salapoliisitarinoita. Hän on lukenut kaikki teokset Sherlock Holmesista ja Hercule Poirotista ja tietää tarkalleen, mitä hänestä tulee isona. Kaveri on pitkään haaveillut todellisen rikoksen tutkimisesta. Mutta kuka sallii, koska hän on vielä teini. Elämä kuitenkin tuo välillä yllätyksiä. Kun ystävät kutsuivat pojan viettämään viikonloppua heidän kanssaan maalaistaloon, hän ei tiennyt, miten se voisi päättyä. Saapuessaan määritettyyn osoitteeseen ja löytäessään halutun talon sankari löysi sen tyhjänä. Kaikki ystävät lähtivät antamaan lausuntoja poliisille, koska talossa oli tapahtunut murha. Kun ketään ei ollut paikalla, poika päätti tutkia tapauksen. Kukaan ei estä häntä etsimästä todisteita, ja autat nopeasti selvittämään totuuden Murder Case Clue 3D:ssä.
