Japanin mafiaa kutsutaan Yakuzaksi ja se on erittäin vakava rikollisjärjestö, joka toimii lain ulkopuolella omien sääntöjensä mukaisesti. Jos hän tarvitsee jotain, hän ottaa sen vastaan heidän tiellään olevien elämästä ja tarpeista riippumatta. Samurai vs Yakuza esittelee sinulle samurain, joka haluaa pelastaa kylänsä. Rosvot pitivät hänestä hänen alueellaan sijaitsevan muinaisen temppelin vuoksi. Tässä temppelissä on useita arvokkaita hahmoja, jotka Yakuzan pää halusi omistaa. Sankarimme seisoi koko mafiaarmeijan tiellä ja torjuu sinun avullasi mustavaatisten rosvojen hyökkäyksen Samurai vs Yakuza -pelissä.
