Lentävien lintujen ystäville Flappy Ball 3D muuttaa käyttöliittymää hieman ja tarjoaa koripallon hallinnan linnun sijaan. Hän ei vain lennä ilmassa sinun tukemana, vaan hänen on myös sukeltaa punaisiin vanteisiin, ja tämä on pakollista. Jokaisesta sukelluksesta palkitaan yksi voittopiste. Lentäessä renkaiden välissä sydämet ilmestyvät. Tartu ne täyttämään iso sydän yläreunan vaakapalkissa. Kun se on täynnä, pallon taakse ilmestyy sydän, joka seuraa sitä jatkuvasti. Jos unohdat vanteen, pallo katoaa ja näkyviin tulee sydän, jota voit hallita. Jos sydäntä ei olisi, Flappy Ball 3D -peli loppuisi.
