Doom 2D:n avaruuslaskeutumisjoukot lähetettiin Marsiin, jossa sijaitsee United Space Corporationin omistama kompleksi. Siellä tehtiin salainen tutkimus helvetistä. Laboratorio rakennettiin kerran löydetyn portaalin varaan, ja tiedemiehet alkoivat tutkia sitä ja mahdollisuutta käyttää sitä ihmiskunnan hyväksi. Lopulta kaikki ei mennyt ollenkaan suunnitelmien mukaan. Demonit kiipesivät ulos portaalista ja hyökkäsivät kolonistien kimppuun. Laskuvarjohyppääjän on haettava kiintolevyiltä salaiset tutkimustiedostot ja pelastettava elossa olevat. Auta häntä, hänen täytyy liikkua tiloissa ja taistella demonisia olentoja vastaan Doom 2D:ssä.
