Ninjat ilmestyivät keskiaikaisessa Japanissa ja toimivat vakoojina, tiedustelijoina ja tiedustelu-sabotoijina. He käyttivät tummia vaatteita, peittivät kasvonsa ja toimivat enimmäkseen yöllä liikkuen äänettömästi ja suorittaen heille annettuja tehtäviä. Kaikki ninjat hallitsivat ninjutsun taiteen. Pohjimmiltaan ninjat ovat eräänlainen soturi, jota käytetään erikoisoperaatioissa, kuten Japanin erikoisjoukot. Pelin Ninja Speed Runner sankarille on myös uskottu salainen tehtävä, joten hän liikkuu nopeasti. Shurikenit lentävät häntä kohti, josta hänen on väistättävä, ja sinä autat häntä tässä pakottamalla sankarin hyppäämään tai hyppäämään Ninja Speed Runnerissa.
