Pienoispikselisankari vie Micro Metroidin matkalle läpi Metrovania-tyylisen mikroalustamaailman. Auta häntä ohittamaan vaaralliset alueet laiturilla, ja niitä tulee vain lisää. Varo vaihteita ja valitse paikkoja, joissa voit hypätä alustalle ja jatkaa matkaa. Matkan varrella on lippuja - nämä ovat tarkistuspisteitä, jotka tarjoavat sinulle paikan, jonne sankari palaa, jos hän joutuu piikkien päälle tai putoaa Micro Metroidin alustalta.