Kun pelin sankari Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak kärsi sukulaistensa mafiaryhmän toimista, hän lähti sotapolulle ja päätti kostaa. Ninjalle tämä on kunniakysymys. Suorita tasoja suorittamalla tehtäviä. Mafiapomot heittävät koko arsenaalinsa puolustukseensa. Ennen seuraavaa hyökkäystä kannattaa miettiä ja valita sopivampi ase. Ninja ei enää luota vain kätevyytensä. Mafian tuhoaminen vaatii vakavampaa lähestymistapaa. Sankarin täytyy juosta suojaan. Sitten tähtäät ja ninja ampuu automaattisesti Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreakin.
